Publications | Wu Lab

PINA 3.0: mining cancer interactome

Protein-protein interactions (PPIs) are crucial to mediate biological functions, and understanding PPIs in cancer type-specific context …

Y. Du, M. Cai, X. Xing, J. Ji, E. Yang, J. Wu

PDF DOI

CVCDAP: an integrated platform for molecular and clinical analysis of cancer virtual cohorts

Recent large-scale multi-omics studies resulted in quick accumulation of an overwhelming amount of cancer-related data, which provides …

X. Guan, M. Cai, Y. Du, E. Yang, J. Ji, J. Wu

PDF DOI

Precision Oncology in Surgery: Patient Selection for Operable Pancreatic Cancer

OBJECTIVE: We aimed to define preoperative clinical and molecular characteristics that would allow better patient selection for …

S. Dreyer, M. Pinese, Nigel B. Jamieson, Christopher J. Scarlett, Emily K. Colvin, Marina Pajic, Amber L. Johns, Jeremy L. Humphris, J. Wu, Mark J. Cowley, Angela Chou, Adnan M. Nagrial, Lorraine Chantrill, Venessa T. Chin, Marc D. Jones, Kim Moran-Jones, Christopher Ross Carter, Euan J. Dickson, Jaswinder S. Samra, Neil D. Merrett, Anthony J. Gill, James G. Kench, Fraser Duthie, David K. Miller, Susanna Cooke, Daniela Aust, Thomas Knösel, Petra Rümmele, Robert Grützmann, Christian Pilarsky, Nam Q. Nguyen, Elizabeth A. Musgrove, Peter J. Bailey, Colin J. McKay, Andrew V. Biankin, David K. Chang, Australian Pancreatic Cancer Genome Initiative, Glasgow Precision Oncology Laboratory

PDF DOI

Multi-omics characterization of molecular features of gastric cancer correlated with response to neoadjuvant chemotherapy

Neoadjuvant chemotherapy is a common treatment for patients with gastric cancer. Although its benefits have been demonstrated, …

Z. Li, X. Gao, X. Peng, M. May Chen, Z. Li, B. Wei, X. Wen, B. Wei, Y. Dong, Z. Bu, A. Wu, Q. Wu, L. Tang, Z. Li, Y. Liu, L. Zhang, S. Jia, L. Zhang, F. Shan, Ji Zhang, X. Wu, X. Ji, K. Ji, X. Wu, J. Shi, X. Xing, J. Wu, G. Lv, L. Shen, X. Ji, H. Liang, J. Ji

PDF DOI

Characterization of the Src-regulated kinome identifies SGK1 as a key mediator of Src-induced transformation

Despite significant progress, our understanding of how specific oncogenes transform cells is still limited and likely underestimates …

X. Ma, L. Zhang, J. Song, E. Nguyen, R. S. Lee, S. J. Rodgers, F. Li, C. Huang, R. B. Schittenhelm, H. Chan, C. Chheang, J. Wu, K. K. Brown, C. A. Mitchell, K. J. Simpson, R. J. Daly

PDF DOI

Impact of the Anticancer Drug NT157 on Tyrosine Kinase Signaling Networks

S. P. Su, E. Flashner-Abramson, S. Klein, M. Gal, R. S. Lee, J. Wu, A. Levitzki, R. J. Daly

PDF DOI

Whole-genome landscape of pancreatic neuroendocrine tumours

A. Scarpa, D. K. Chang, K. Nones, V. Corbo, A. M. Patch, P. Bailey, R. T. Lawlor, A. L. Johns, D. K. Miller, A. Mafficini, B. Rusev, M. Scardoni, D. Antonello, S. Barbi, K. O. Sikora, S. Cingarlini, C. Vicentini, S. McKay, M. C. Quinn, T. J. Bruxner, A. N. Christ, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. McLean, C. Nourse, E. Nourbakhsh, P. J. Wilson, M. J. Anderson, J. L. Fink, F. Newell, N. Waddell, O. Holmes, S. H. Kazakoff, C. Leonard, S. Wood, Q. Xu, S. H. Nagaraj, E. Amato, I. Dalai, S. Bersani, I. Cataldo, A. P. Dei Tos, P. Capelli, M. V. Davi, L. Landoni, A. Malpaga, M. Miotto, V. L. Whitehall, B. A. Leggett, J. L. Harris, J. Harris, M. D. Jones, J. Humphris, L. A. Chantrill, V. Chin, A. M. Nagrial, M. Pajic, C. J. Scarlett, A. Pinho, I. Rooman, C. Toon, J. Wu, M. Pinese, M. Cowley, A. Barbour, A. Mawson, E. S. Humphrey, E. K. Colvin, A. Chou, J. A. Lovell, N. B. Jamieson, F. Duthie, M. C. Gingras, W. E. Fisher, R. A. Dagg, L. M. Lau, M. Lee, H. A. Pickett, R. R. Reddel, J. S. Samra, J. G. Kench, N. D. Merrett, K. Epari, N. Q. Nguyen, N. Zeps, M. Falconi, M. Simbolo, G. Butturini, G. Van Buren, S. Partelli, M. Fassan, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, K. K. Khanna, A. J. Gill, D. A. Wheeler, R. A. Gibbs, E. A. Musgrove, C. Bassi, G. Tortora, P. Pederzoli, others

PDF DOI

Signalome-wide assessment of host cell response to hepatitis C virus

G. Haqshenas, J. Wu, K. J. Simpson, R. J. Daly, H. J. Netter, T. F. Baumert, C. Doerig

PDF DOI

Limiting Thymic Precursor Supply Increases the Risk of Lymphoid Malignancy in Murine X-Linked Severe Combined Immunodeficiency

S. L. Ginn, C. V. Hallwirth, S. H. Liao, E. T. Teber, J. W. Arthur, J. Wu, H. C. Lee, S. S. Tay, M. Hu, R. R. Reddel, M. P. McCormack, A. J. Thrasher, M. Cavazzana, S. I. Alexander, I. E. Alexander

PDF DOI

Hypermutation In Pancreatic Cancer

J. L. Humphris, A. M. Patch, K. Nones, P. J. Bailey, A. L. Johns, S. McKay, D. K. Chang, D. K. Miller, M. Pajic, K. S. Kassahn, M. C. Quinn, T. J. Bruxner, A. N. Christ, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. Manning, C. Nourse, E. Nourbakhsh, A. Stone, P. J. Wilson, M. Anderson, J. L. Fink, O. Holmes, S. Kazakoff, C. Leonard, F. Newell, N. Waddell, S. Wood, R. S. Mead, Q. Xu, J. Wu, M. Pinese, M. J. Cowley, M. D. Jones, A. M. Nagrial, V. T. Chin, L. A. Chantrill, A. Mawson, A. Chou, C. J. Scarlett, A. V. Pinho, I. Rooman, M. Giry-Laterriere, J. S. Samra, J. G. Kench, N. D. Merrett, C. W. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, N. B. Jamieson, C. J. McKay, C. R. Carter, E. J. Dickson, J. S. Graham, F. Duthie, K. Oien, J. Hair, J. P. Morton, O. J. Sansom, R. Grutzmann, R. H. Hruban, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, R. D. Schulick, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, R. T. Lawlor, B. Rusev, V. Corbo, R. Salvia, I. Cataldo, G. Tortora, M. A. Tempero, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, O. Hofmann, J. R. Eshleman, C. Pilarsky, A. Scarpa, E. A. Musgrove, A. J. Gill, J. V. Pearson, S. M. Grimmond, N. Waddell, A. V. Biankin

PDF DOI

Genomic analysis of HPV-positive versus HPV-negative oesophageal adenocarcinoma identifies a differential mutational landscape

S. Rajendra, B. Wang, N. Merrett, P. Sharma, J. Humphris, H. C. Lee, J. Wu

PDF DOI

Genomic analyses identify molecular subtypes of pancreatic cancer

P. Bailey, D. K. Chang, K. Nones, A. L. Johns, A. M. Patch, M. C. Gingras, D. K. Miller, A. N. Christ, T. J. Bruxner, M. C. Quinn, C. Nourse, L. C. Murtaugh, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. Manning, E. Nourbakhsh, S. Wani, L. Fink, O. Holmes, V. Chin, M. J. Anderson, S. Kazakoff, C. Leonard, F. Newell, N. Waddell, S. Wood, Q. Xu, P. J. Wilson, N. Cloonan, K. S. Kassahn, D. Taylor, K. Quek, A. Robertson, L. Pantano, L. Mincarelli, L. N. Sanchez, L. Evers, J. Wu, M. Pinese, M. J. Cowley, M. D. Jones, E. K. Colvin, A. M. Nagrial, E. S. Humphrey, L. A. Chantrill, A. Mawson, J. Humphris, A. Chou, M. Pajic, C. J. Scarlett, A. V. Pinho, M. Giry-Laterriere, I. Rooman, J. S. Samra, J. G. Kench, J. A. Lovell, N. D. Merrett, C. W. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, K. Moran-Jones, N. B. Jamieson, J. S. Graham, F. Duthie, K. Oien, J. Hair, R. Grutzmann, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, R. T. Lawlor, V. Corbo, C. Bassi, B. Rusev, P. Capelli, R. Salvia, G. Tortora, D. Mukhopadhyay, G. M. Petersen, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, D. M. Munzy, W. E. Fisher, S. A. Karim, J. R. Eshleman, R. H. Hruban, C. Pilarsky, J. P. Morton, O. J. Sansom, A. Scarpa, E. A. Musgrove, U. M. Bailey, O. Hofmann, R. L. Sutherland, D. A. Wheeler, A. J. Gill, R. A. Gibbs, J. V. Pearson, others

PDF DOI

Damage-inducible intragenic demethylation of the human TP53 tumor suppressor gene is associated with transcription from an alternative intronic promoter

J. Blackburn, D. L. Roden, R. Ng, J. Wu, A. Bosman, R. J. Epstein

PDF DOI

Whole genomes redefine the mutational landscape of pancreatic cancer

N. Waddell, M. Pajic, A. M. Patch, D. K. Chang, K. S. Kassahn, P. Bailey, A. L. Johns, D. Miller, K. Nones, K. Quek, M. C. Quinn, A. J. Robertson, M. Z. Fadlullah, T. J. Bruxner, A. N. Christ, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. Manning, C. Nourse, E. Nourbakhsh, S. Wani, P. J. Wilson, E. Markham, N. Cloonan, M. J. Anderson, J. L. Fink, O. Holmes, S. H. Kazakoff, C. Leonard, F. Newell, B. Poudel, S. Song, D. Taylor, N. Waddell, S. Wood, Q. Xu, J. Wu, M. Pinese, M. J. Cowley, H. C. Lee, M. D. Jones, A. M. Nagrial, J. Humphris, L. A. Chantrill, V. Chin, A. M. Steinmann, A. Mawson, E. S. Humphrey, E. K. Colvin, A. Chou, C. J. Scarlett, A. V. Pinho, M. Giry-Laterriere, I. Rooman, J. S. Samra, J. G. Kench, J. A. Pettitt, N. D. Merrett, C. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, N. B. Jamieson, J. S. Graham, S. P. Niclou, R. Bjerkvig, R. Grutzmann, D. Aust, R. H. Hruban, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, R. T. Lawlor, V. Corbo, C. Bassi, M. Falconi, G. Zamboni, G. Tortora, M. A. Tempero, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, A. J. Gill, J. R. Eshleman, C. Pilarsky, A. Scarpa, E. A. Musgrove, J. V. Pearson, A. V. Biankin, S. M. Grimmond

PDF DOI

Profiling the tyrosine phosphoproteome of different mouse mammary tumour models reveals distinct, model-specific signalling networks and conserved oncogenic pathways

N. A. Ali, J. Wu, F. Hochgrafe, H. Chan, R. Nair, S. Ye, L. Zhang, R. J. Lyons, M. Pinese, H. C. Lee, N. Armstrong, C. J. Ormandy, S. J. Clark, A. Swarbrick, R. J. Daly

PDF DOI

Phosphoproteomic profiling identifies focal adhesion kinase as a mediator of docetaxel resistance in castrate-resistant prostate cancer

B. Y. Lee, F. Hochgrafe, H. M. Lin, L. Castillo, J. Wu, M. J. Raftery, S. Martin Shreeve, L. G. Horvath, R. J. Daly

PDF DOI

Sirtuin-1 regulates acinar-to-ductal metaplasia and supports cancer cell viability in pancreatic cancer

E. Wauters, V. J. Sanchez-Arevalo Lobo, A. V. Pinho, A. Mawson, D. Herranz, J. Wu, M. J. Cowley, E. K. Colvin, E. N. Njicop, R. L. Sutherland, T. Liu, M. Serrano, L. Bouwens, F. X. Real, A. V. Biankin, I. Rooman

PDF DOI

Phosphoproteomic analysis of anaplastic lymphoma kinase (ALK) downstream signaling pathways identifies signal transducer and activator of transcription 3 as a functional target of activated ALK in neuroblastoma cells

K. Sattu, F. Hochgrafe, J. Wu, G. Umapathy, C. Schonherr, K. Ruuth, D. Chand, B. Witek, J. Fuchs, P. K. Li, F. Hugosson, R. J. Daly, R. H. Palmer, B. Hallberg

PDF DOI

A. V. Biankin, N. Waddell, K. S. Kassahn, M. C. Gingras, L. B. Muthuswamy, A. L. Johns, D. K. Miller, P. J. Wilson, A. M. Patch, J. Wu, D. K. Chang, M. J. Cowley, B. B. Gardiner, S. Song, I. Harliwong, S. Idrisoglu, C. Nourse, E. Nourbakhsh, S. Manning, S. Wani, M. Gongora, M. Pajic, C. J. Scarlett, A. J. Gill, A. V. Pinho, I. Rooman, M. Anderson, O. Holmes, C. Leonard, D. Taylor, S. Wood, Q. Xu, K. Nones, J. L. Fink, A. Christ, T. Bruxner, N. Cloonan, G. Kolle, F. Newell, M. Pinese, R. S. Mead, J. L. Humphris, W. Kaplan, M. D. Jones, E. K. Colvin, A. M. Nagrial, E. S. Humphrey, A. Chou, V. T. Chin, L. A. Chantrill, A. Mawson, J. S. Samra, J. G. Kench, J. A. Lovell, R. J. Daly, N. D. Merrett, C. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, N. Kakkar, F. Zhao, Y. Q. Wu, M. Wang, D. M. Muzny, W. E. Fisher, F. C. Brunicardi, S. E. Hodges, J. G. Reid, J. Drummond, K. Chang, Y. Han, L. R. Lewis, H. Dinh, C. J. Buhay, T. Beck, L. Timms, M. Sam, K. Begley, A. Brown, D. Pai, A. Panchal, N. Buchner, R. De Borja, R. E. Denroche, C. K. Yung, S. Serra, N. Onetto, D. Mukhopadhyay, M. S. Tsao, P. A. Shaw, G. M. Petersen, S. Gallinger, R. H. Hruban, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, R. D. Schulick, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, others

PDF DOI