Publications

X. Guan, M. Cai, Y. Du, E. Yang, J. Ji, J. Wu (2020). CVCDAP: an integrated platform for molecular and clinical analysis of cancer virtual cohorts. Nucleic Acids Research.

X. Ma, L. Zhang, J. Song, E. Nguyen, R. S. Lee, S. J. Rodgers, F. Li, C. Huang, R. B. Schittenhelm, H. Chan, C. Chheang, J. Wu, K. K. Brown, C. A. Mitchell, K. J. Simpson, R. J. Daly (2019). Characterization of the Src-regulated kinome identifies SGK1 as a key mediator of Src-induced transformation. Nature Communications.

S. P. Su, E. Flashner-Abramson, S. Klein, M. Gal, R. S. Lee, J. Wu, A. Levitzki, R. J. Daly (2018). Impact of the Anticancer Drug NT157 on Tyrosine Kinase Signaling Networks. Mol Cancer Ther.

A. Scarpa, D. K. Chang, K. Nones, V. Corbo, A. M. Patch, P. Bailey, R. T. Lawlor, A. L. Johns, D. K. Miller, A. Mafficini, B. Rusev, M. Scardoni, D. Antonello, S. Barbi, K. O. Sikora, S. Cingarlini, C. Vicentini, S. McKay, M. C. Quinn, T. J. Bruxner, A. N. Christ, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. McLean, C. Nourse, E. Nourbakhsh, P. J. Wilson, M. J. Anderson, J. L. Fink, F. Newell, N. Waddell, O. Holmes, S. H. Kazakoff, C. Leonard, S. Wood, Q. Xu, S. H. Nagaraj, E. Amato, I. Dalai, S. Bersani, I. Cataldo, A. P. Dei Tos, P. Capelli, M. V. Davi, L. Landoni, A. Malpaga, M. Miotto, V. L. Whitehall, B. A. Leggett, J. L. Harris, J. Harris, M. D. Jones, J. Humphris, L. A. Chantrill, V. Chin, A. M. Nagrial, M. Pajic, C. J. Scarlett, A. Pinho, I. Rooman, C. Toon, J. Wu, M. Pinese, M. Cowley, A. Barbour, A. Mawson, E. S. Humphrey, E. K. Colvin, A. Chou, J. A. Lovell, N. B. Jamieson, F. Duthie, M. C. Gingras, W. E. Fisher, R. A. Dagg, L. M. Lau, M. Lee, H. A. Pickett, R. R. Reddel, J. S. Samra, J. G. Kench, N. D. Merrett, K. Epari, N. Q. Nguyen, N. Zeps, M. Falconi, M. Simbolo, G. Butturini, G. Van Buren, S. Partelli, M. Fassan, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, K. K. Khanna, A. J. Gill, D. A. Wheeler, R. A. Gibbs, E. A. Musgrove, C. Bassi, G. Tortora, P. Pederzoli, others (2017). Whole-genome landscape of pancreatic neuroendocrine tumours. Nature.

G. Haqshenas, J. Wu, K. J. Simpson, R. J. Daly, H. J. Netter, T. F. Baumert, C. Doerig (2017). Signalome-wide assessment of host cell response to hepatitis C virus. Nat Commun.

S. L. Ginn, C. V. Hallwirth, S. H. Liao, E. T. Teber, J. W. Arthur, J. Wu, H. C. Lee, S. S. Tay, M. Hu, R. R. Reddel, M. P. McCormack, A. J. Thrasher, M. Cavazzana, S. I. Alexander, I. E. Alexander (2017). Limiting Thymic Precursor Supply Increases the Risk of Lymphoid Malignancy in Murine X-Linked Severe Combined Immunodeficiency. Mol Ther Nucleic Acids.

J. L. Humphris, A. M. Patch, K. Nones, P. J. Bailey, A. L. Johns, S. McKay, D. K. Chang, D. K. Miller, M. Pajic, K. S. Kassahn, M. C. Quinn, T. J. Bruxner, A. N. Christ, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. Manning, C. Nourse, E. Nourbakhsh, A. Stone, P. J. Wilson, M. Anderson, J. L. Fink, O. Holmes, S. Kazakoff, C. Leonard, F. Newell, N. Waddell, S. Wood, R. S. Mead, Q. Xu, J. Wu, M. Pinese, M. J. Cowley, M. D. Jones, A. M. Nagrial, V. T. Chin, L. A. Chantrill, A. Mawson, A. Chou, C. J. Scarlett, A. V. Pinho, I. Rooman, M. Giry-Laterriere, J. S. Samra, J. G. Kench, N. D. Merrett, C. W. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, N. B. Jamieson, C. J. McKay, C. R. Carter, E. J. Dickson, J. S. Graham, F. Duthie, K. Oien, J. Hair, J. P. Morton, O. J. Sansom, R. Grutzmann, R. H. Hruban, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, R. D. Schulick, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, R. T. Lawlor, B. Rusev, V. Corbo, R. Salvia, I. Cataldo, G. Tortora, M. A. Tempero, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, O. Hofmann, J. R. Eshleman, C. Pilarsky, A. Scarpa, E. A. Musgrove, A. J. Gill, J. V. Pearson, S. M. Grimmond, N. Waddell, A. V. Biankin (2017). Hypermutation In Pancreatic Cancer. Gastroenterology.

E. D. Fleuren, L. Zhang, J. Wu, R. J. Daly (2016). The kinome 'at large' in cancer. Nat Rev Cancer.

A. V. Pinho, A. Mawson, A. Gill, M. Arshi, M. Warmerdam, M. Giry-Laterriere, N. Eling, T. Lie, E. Kuster, S. Camargo, A. V. Biankin, J. Wu, I. Rooman (2016). Sirtuin 1 stimulates the proliferation and the expression of glycolysis genes in pancreatic neoplastic lesions. Oncotarget.

E. S. Humphrey, S. P. Su, A. M. Nagrial, F. Hochgrafe, M. Pajic, G. M. Lehrbach, R. G. Parton, A. S. Yap, L. G. Horvath, D. K. Chang, A. V. Biankin, J. Wu, R. J. Daly (2016). Resolution of Novel Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Subtypes by Global Phosphotyrosine Profiling. Mol Cell Proteomics.

S. Rajendra, B. Wang, N. Merrett, P. Sharma, J. Humphris, H. C. Lee, J. Wu (2016). Genomic analysis of HPV-positive versus HPV-negative oesophageal adenocarcinoma identifies a differential mutational landscape. J Med Genet.

P. Bailey, D. K. Chang, K. Nones, A. L. Johns, A. M. Patch, M. C. Gingras, D. K. Miller, A. N. Christ, T. J. Bruxner, M. C. Quinn, C. Nourse, L. C. Murtaugh, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. Manning, E. Nourbakhsh, S. Wani, L. Fink, O. Holmes, V. Chin, M. J. Anderson, S. Kazakoff, C. Leonard, F. Newell, N. Waddell, S. Wood, Q. Xu, P. J. Wilson, N. Cloonan, K. S. Kassahn, D. Taylor, K. Quek, A. Robertson, L. Pantano, L. Mincarelli, L. N. Sanchez, L. Evers, J. Wu, M. Pinese, M. J. Cowley, M. D. Jones, E. K. Colvin, A. M. Nagrial, E. S. Humphrey, L. A. Chantrill, A. Mawson, J. Humphris, A. Chou, M. Pajic, C. J. Scarlett, A. V. Pinho, M. Giry-Laterriere, I. Rooman, J. S. Samra, J. G. Kench, J. A. Lovell, N. D. Merrett, C. W. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, K. Moran-Jones, N. B. Jamieson, J. S. Graham, F. Duthie, K. Oien, J. Hair, R. Grutzmann, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, R. T. Lawlor, V. Corbo, C. Bassi, B. Rusev, P. Capelli, R. Salvia, G. Tortora, D. Mukhopadhyay, G. M. Petersen, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, D. M. Munzy, W. E. Fisher, S. A. Karim, J. R. Eshleman, R. H. Hruban, C. Pilarsky, J. P. Morton, O. J. Sansom, A. Scarpa, E. A. Musgrove, U. M. Bailey, O. Hofmann, R. L. Sutherland, D. A. Wheeler, A. J. Gill, R. A. Gibbs, J. V. Pearson, others (2016). Genomic analyses identify molecular subtypes of pancreatic cancer. Nature.

J. Blackburn, D. L. Roden, R. Ng, J. Wu, A. Bosman, R. J. Epstein (2016). Damage-inducible intragenic demethylation of the human TP53 tumor suppressor gene is associated with transcription from an alternative intronic promoter. Mol Carcinog.

N. Waddell, M. Pajic, A. M. Patch, D. K. Chang, K. S. Kassahn, P. Bailey, A. L. Johns, D. Miller, K. Nones, K. Quek, M. C. Quinn, A. J. Robertson, M. Z. Fadlullah, T. J. Bruxner, A. N. Christ, I. Harliwong, S. Idrisoglu, S. Manning, C. Nourse, E. Nourbakhsh, S. Wani, P. J. Wilson, E. Markham, N. Cloonan, M. J. Anderson, J. L. Fink, O. Holmes, S. H. Kazakoff, C. Leonard, F. Newell, B. Poudel, S. Song, D. Taylor, N. Waddell, S. Wood, Q. Xu, J. Wu, M. Pinese, M. J. Cowley, H. C. Lee, M. D. Jones, A. M. Nagrial, J. Humphris, L. A. Chantrill, V. Chin, A. M. Steinmann, A. Mawson, E. S. Humphrey, E. K. Colvin, A. Chou, C. J. Scarlett, A. V. Pinho, M. Giry-Laterriere, I. Rooman, J. S. Samra, J. G. Kench, J. A. Pettitt, N. D. Merrett, C. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, N. B. Jamieson, J. S. Graham, S. P. Niclou, R. Bjerkvig, R. Grutzmann, D. Aust, R. H. Hruban, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, R. T. Lawlor, V. Corbo, C. Bassi, M. Falconi, G. Zamboni, G. Tortora, M. A. Tempero, Initiative Australian Pancreatic Cancer Genome, A. J. Gill, J. R. Eshleman, C. Pilarsky, A. Scarpa, E. A. Musgrove, J. V. Pearson, A. V. Biankin, S. M. Grimmond (2015). Whole genomes redefine the mutational landscape of pancreatic cancer. Nature.

A. Grimont, A. V. Pinho, M. J. Cowley, C. Augereau, A. Mawson, M. Giry-Laterriere, G. Van den Steen, N. Waddell, M. Pajic, C. Sempoux, J. Wu, S. M. Grimmond, A. V. Biankin, F. P. Lemaigre, I. Rooman, P. Jacquemin (2015). SOX9 regulates ERBB signalling in pancreatic cancer development. Gut.

A. V. Pinho, M. Bensellam, E. Wauters, M. Rees, M. Giry-Laterriere, A. Mawson, Q. Ly le, A. V. Biankin, J. Wu, D. R. Laybutt, I. Rooman (2015). Pancreas-Specific Sirt1-Deficiency in Mice Compromises Beta-Cell Function without Development of Hyperglycemia. PLoS One.

E. K. Malle, N. W. Zammit, S. N. Walters, Y. C. Koay, J. Wu, B. M. Tan, J. E. Villanueva, R. Brink, T. Loudovaris, J. Cantley, S. R. McAlpine, D. Hesselson, S. T. Grey (2015). Nuclear factor kappaB-inducing kinase activation as a mechanism of pancreatic beta cell failure in obesity. J Exp Med.

C. Xie, C. Powell, M. Yao, J. Wu, Q. Dong (2014). Ubiquitin-conjugating enzyme E2C: A potential cancer biomarker. Int J Biochem Cell Biol.

N. A. Ali, J. Wu, F. Hochgrafe, H. Chan, R. Nair, S. Ye, L. Zhang, R. J. Lyons, M. Pinese, H. C. Lee, N. Armstrong, C. J. Ormandy, S. J. Clark, A. Swarbrick, R. J. Daly (2014). Profiling the tyrosine phosphoproteome of different mouse mammary tumour models reveals distinct, model-specific signalling networks and conserved oncogenic pathways. Breast Cancer Res.

B. Y. Lee, F. Hochgrafe, H. M. Lin, L. Castillo, J. Wu, M. J. Raftery, S. Martin Shreeve, L. G. Horvath, R. J. Daly (2014). Phosphoproteomic profiling identifies focal adhesion kinase as a mediator of docetaxel resistance in castrate-resistant prostate cancer. Mol Cancer Ther.

E. Wauters, V. J. Sanchez-Arevalo Lobo, A. V. Pinho, A. Mawson, D. Herranz, J. Wu, M. J. Cowley, E. K. Colvin, E. N. Njicop, R. L. Sutherland, T. Liu, M. Serrano, L. Bouwens, F. X. Real, A. V. Biankin, I. Rooman (2013). Sirtuin-1 regulates acinar-to-ductal metaplasia and supports cancer cell viability in pancreatic cancer. Cancer Res.

K. Sattu, F. Hochgrafe, J. Wu, G. Umapathy, C. Schonherr, K. Ruuth, D. Chand, B. Witek, J. Fuchs, P. K. Li, F. Hugosson, R. J. Daly, R. H. Palmer, B. Hallberg (2013). Phosphoproteomic analysis of anaplastic lymphoma kinase (ALK) downstream signaling pathways identifies signal transducer and activator of transcription 3 as a functional target of activated ALK in neuroblastoma cells. FEBS J.

Y. Cao, L. H. Hoeppner, S. Bach, G. E, Y. Guo, E. Wang, J. Wu, M. J. Cowley, D. K. Chang, N. Waddell, S. M. Grimmond, A. V. Biankin, R. J. Daly, X. Zhang, D. Mukhopadhyay (2013). Neuropilin-2 Promotes Extravasation and Metastasis by Interacting with Endothelial alpha5 Integrin. Cancer Res.

C. M. Tactacan, D. K. Chang, M. J. Cowley, E. S. Humphrey, J. Wu, A. J. Gill, A. Chou, K. Nones, S. M. Grimmond, R. L. Sutherland, A. V. Biankin, R. J. Daly (2012). RON is not a prognostic marker for resectable pancreatic cancer. BMC Cancer.

M. J. Cowley, M. Pinese, K. S. Kassahn, N. Waddell, J. V. Pearson, S. M. Grimmond, A. V. Biankin, S. Hautaniemi, J. Wu (2012). PINA v2.0: mining interactome modules. Nucleic Acids Res.

A. V. Biankin, N. Waddell, K. S. Kassahn, M. C. Gingras, L. B. Muthuswamy, A. L. Johns, D. K. Miller, P. J. Wilson, A. M. Patch, J. Wu, D. K. Chang, M. J. Cowley, B. B. Gardiner, S. Song, I. Harliwong, S. Idrisoglu, C. Nourse, E. Nourbakhsh, S. Manning, S. Wani, M. Gongora, M. Pajic, C. J. Scarlett, A. J. Gill, A. V. Pinho, I. Rooman, M. Anderson, O. Holmes, C. Leonard, D. Taylor, S. Wood, Q. Xu, K. Nones, J. L. Fink, A. Christ, T. Bruxner, N. Cloonan, G. Kolle, F. Newell, M. Pinese, R. S. Mead, J. L. Humphris, W. Kaplan, M. D. Jones, E. K. Colvin, A. M. Nagrial, E. S. Humphrey, A. Chou, V. T. Chin, L. A. Chantrill, A. Mawson, J. S. Samra, J. G. Kench, J. A. Lovell, R. J. Daly, N. D. Merrett, C. Toon, K. Epari, N. Q. Nguyen, A. Barbour, N. Zeps, N. Kakkar, F. Zhao, Y. Q. Wu, M. Wang, D. M. Muzny, W. E. Fisher, F. C. Brunicardi, S. E. Hodges, J. G. Reid, J. Drummond, K. Chang, Y. Han, L. R. Lewis, H. Dinh, C. J. Buhay, T. Beck, L. Timms, M. Sam, K. Begley, A. Brown, D. Pai, A. Panchal, N. Buchner, R. De Borja, R. E. Denroche, C. K. Yung, S. Serra, N. Onetto, D. Mukhopadhyay, M. S. Tsao, P. A. Shaw, G. M. Petersen, S. Gallinger, R. H. Hruban, A. Maitra, C. A. Iacobuzio-Donahue, R. D. Schulick, C. L. Wolfgang, R. A. Morgan, others (2012). Pancreatic cancer genomes reveal aberrations in axon guidance pathway genes. Nature.

C. Xie, X. Mao, J. Huang, Y. Ding, J. Wu, S. Dong, L. Kong, G. Gao, C. Y. Li, L. Wei (2011). KOBAS 2.0: a web server for annotation and identification of enriched pathways and diseases. Nucleic Acids Res.

X. Liu, J. Wu, J. Wang, X. Liu, S. Zhao, Z. Li, L. Kong, X. Gu, J. Luo, G. Gao (2009). WebLab: a data-centric, knowledge-sharing bioinformatic platform. Nucleic Acids Res.

H. A. Blomster, V. Hietakangas, J. Wu, P. Kouvonen, S. Hautaniemi, L. Sistonen (2009). Novel proteomics strategy brings insight into the prevalence of SUMO-2 target sites. Mol Cell Proteomics.

J. Wu, T. Vallenius, K. Ovaska, J. Westermarck, T. P. Makela, S. Hautaniemi (2009). Integrated network analysis platform for protein-protein interactions. Nat Methods.

X. Chen, J. M. Wu, K. Hornischer, A. Kel, E. Wingender (2006). TiProD: the Tissue-specific Promoter Database. Nucleic Acids Res.

J. Wu, X. Mao, T. Cai, J. Luo, L. Wei (2006). KOBAS server: a web-based platform for automated annotation and pathway identification. Nucleic Acids Res.